紧接着，在1998年3月5日至19日，国务院向全国人大提交了《政府工作报告》。在这次会议上，通过了关于政府工作报告的决议和其他相关文件，同时批准了国务院机构改革方案。此次改革的核心在于调整和撤销那些直接参与经济活动的部门，同时加强宏观调控和执法监管的能力。根据机构改革方案，国务院的部、委数量从40个减少到29个，这标志着政府机构的重大变革。此外，国务院直属机构与办事机构也相应进行了调整和改革，以适应新的政府职能定位。
到了1998年3月24日，新一届国务院举行了首次全体会议。在这次会议上，讨论并通过了《国务院机构设置和调整国务院议事协调机构方案》以及修订后的《国务院工作条例》。这些文件的通过，为国务院的机构设置和运行提供了明确的指导和规范，进一步推动了政府机构的现代化和效率化，确保了政府工作的顺利进行和政策的有效实施。这一系列的改革举措，不仅响应了当时国内外经济形势的挑战，也为中国经济的长远发展奠定了坚实的基础。