朱由校派卢剑雨前往吕宋，除了给他朱由校送密信外，还让他在吕宋组建锦衣卫千户所，负责吕宋与南洋群岛的军情刺探之事，顺便监督吕宋总督府的所有官员。
朱由校给南居益的密信中，除了强调大弗朗机人只能接受无条件投降外，还要公开审判当年参与吕宋大屠杀的大弗朗机人及助纣为虐的土着。
与此同时，还要南居益实施以汉民取代土着的计划，简单点来说，那就是除了直接的大屠杀外，可以采取任何手段削减土着人口，同时增加汉民数量。
双方投降条件差距实在太大，加上此时的大弗朗机人自负惯了，所以谈判进行了三轮之后，双方继续回到了之前的对峙状态。
对于双方僵持在马尼拉王城的状态，南居益也不急于进攻，而是按照朝廷与皇帝的要求，开始有序组建吕宋总督府与两个府的地方官僚建制。
各级主要官员基本都是朝廷任命，但吏员则是直接招募之前积极协助明军攻占吕宋给第的侨民。