因马尼拉王城尚未攻占下来，所以南居益将自己的临时总督府设在了甲米地这个军港，一是离马尼拉战场距离适中，二是作为海岛与军港，不用太操心安全问题，毕竟马尼拉附近几乎没什么大明人，小心一些不是什么大错。
马尼拉王城内的菲律宾都督恩滕扎等大弗朗机人，当看到大明又来了数量庞大的船队后，本就动摇不定的心，现在变得更加的动摇。
他们远渡重洋过来，不全是为了什么开疆拓土的，而更重要的是为了开展瓷器、茶叶与香料贸易的。
在杨嗣昌等人到达马尼拉的第二天，恩滕扎与马尼拉皇家审问院及主教经过一番强烈争吵后，最终在不可能扭转局势的现实面前，选择了高举白旗投降。
但是，在投降待遇上，双方来来回回争吵了三轮之后，依然在根本原则上没有达成一致。
大弗朗机人的条件是：他们可以撤出马尼拉王城与吕宋岛，但吕宋岛南部诸岛屿依然归属于大弗朗机，同时允许他们带着军械钱粮平安撤出吕宋，并允许大弗朗机舰队前来接他们南下。
朱由校在收到吕宋捷报的时候，就担心文官们为了所谓的大局与以德报怨，从而礼送这些连续犯下屠杀大明侨胞的刽子手，在行人司南下广东送旨意的时候，专门让锦衣卫千户卢剑雨带着一个百户所同行。