途中，一伙由玛力露丽，蓝鳄，章鱼桶，鸭宝宝，这四只水系宝可梦组成的海贼团还偷偷潜入船上，跑到船上的仓库里偷东西吃。
被小智用波导发现并制止后，接到报案的距离最近的一个岛屿上的君莎小姐开着巡逻艇带人赶了过来。
据君莎小姐所说，这伙海贼团已经在这一带偷了很多人的东西了，因为杰可罗拉群岛这里有非常多的岛屿，所以很难找到它们的老窝。
正所谓可恨之人必有可怜之处，小智通过波导之力得知，这四只宝可梦，全部都是被训练家抛弃的，所以才会想要报复人类。
见到它们很是可怜，也诚心悔改，君莎小姐便让它们加入了海滩救援队，此次改邪归正。
乘上一位紫色领子和鞋子的帕卡的船，小智一行人接下来抵达了迁徙岛，
这座岛是很多正在进行迁徙的宝可梦中途会停留休息的地方，
像是七夕青鸟，青绵鸟，舞天鹅，大王燕，巴大蝴，铁甲蛹，绿毛虫等等。
观赏了巴大蝴群的迁徙后，搭乘着一位黑色领子和鞋子的帕卡的船，小智一行人来到了一个叫作大岛的岛屿上。
追随着土龙弟弟等野生宝可梦，小智一行人开始了横跨岛屿的旅程。
途中来到一座山上，这座山非常干涸，几乎完全没有水了，也没有任何的绿植，只能偶尔看到一小片绿洲。
整座山上只剩下了一户人家，是一个叫作小圣的女生和她的妈妈莲花。
几年前，由于强烈的阳光持续照射，这里的湖水渐渐干涸，绿地也消失了，居住在这里的人们一个接着一个离开，只剩下了小圣一家人。
而小圣的爸爸卡特也为了寻找水源而外出调查，据说已经两年没有回来过了。
所以既为了让自己的家乡恢复原貌，也为了让自己的爸爸回家来跟她们母女团聚，小圣就想要拜托基拉祈帮她实现取回绿地和水源的愿望。
小智特别惊讶，没想到这个地方竟然有基拉祈在。
上一次自己见到基拉祈，还是在丰缘地区的法恩斯呢。
当天晚上，山上的一个被一圈石柱包围着的类似祭坛的地方，一道刺眼的强光射出，一块结晶体缓缓从地底下浮了出来，飘到空中，化作基拉祈。
每一只基拉祈每隔一千年才会苏醒七天，小智自己都不由得感慨自己的运气真好，一年出头的时间里就连续见到了基拉祈两次。
刚刚苏醒的基拉祈眨巴着它那非常萌的大眼睛，好奇地打量着这个世界。
通过波导之力与小智身上的神兽气息，基拉祈完全对小智几人卸下了防备，很快便打成了一片。
因为时间并不充裕，所以大家都很珍惜和基拉祈在一起的时间。
前六天里，几人带着基拉祈在岛上到处参观疯玩，品尝美食。
最后一天的晚上，听到基拉祈出现的消息的小圣的爸爸也赶了回来。