在卡特的指导下，几人把基拉祈带到了山上的湖之祠里，基拉祈调动力量，使出破灭之愿，湖水顿时涌出。
有了水源，相信让这座山恢复绿地也不是什么难事。
大家都很高兴，可基拉祈却要沉睡了。
众人又将它带到山之祠里，目送着它重新化作结晶体，沉入地底下，再度沉睡千年。
告别了小圣一家人，小智一行人继续横跨大岛，
好不容易到了港口，在宝可梦中心里睡了一觉起来，准备乘船离开，却发现整座城市的人的脸都变成了大宇怪。
跟大宇怪们对话完之后，小智才知道，它们乘坐的发光圆盘昨天晚上降落在了这附近，飞船上的一个长得很像护符金币的零部件丢失了，所以它们就控制了这座城市的人们帮他们寻找。
而在小智这种没有被它们控制的人眼中，那些被他们给控制了的人的脸自然就会变成大宇怪的脸了。
小智便帮它们找回了零部件，大宇怪们驾驶着发光圆盘离开后，城市里的人们也都恢复正常了。
乘船离开了大岛的小智一行人，继续乘船来到了纽特市。
纽特市是个现代的大都会，这里有许多摩天大楼，正中央的大公园为宝可梦专用的居住设施，宝可梦山庄。
宝可梦山庄，是位于纽特市中心树林里的一座山庄，
在这里面有着树林、湖泊和瀑布，各种类型的宝可梦们在这里自由自在的生活，这里也是纽特市中最原生态的地方，和其他的高楼大厦形成鲜明的对比。
一个分划模拟各种各样生活在那里的宝可梦的不同自然栖息地的公园。
这座宝可梦山庄才刚刚建好，即将对外开放，所以便想邀请宝可梦界的顶尖权威之一大木博士来这里看一下。
好的地方帮忙宣传宣传，不好的地方提出来让他们改进。
但大木博士最近刚收服了洛托姆，正忙于研究呢，便拜托在这附近的小智三人代替自己去一趟，小智欣然答应。
等小智一行人来到这里的时候，管理员艾利克早已在门口等候多时了。
让人没有想到的是，这座宝可梦山庄建造在一座如同原始森林的森林公园里面，而这座巨大的森林公园，是在纽特市的市中心位置。
空气清爽，阳光明媚，水分充足，树木繁茂。
又被高楼大厦所环绕，是城市中难得的一片原生态绿地，与周边繁华喧嚣的都市景象形成了鲜明对比。
山庄旁边有一条街道，夜晚灯火通明，满街彩旗飘扬，与山庄仅隔着一层栅栏，热闹的街道氛围与山庄内的宁静形成了有趣的反差。
一位金发青年早已站在山庄门口等候。
“你们就是小智和斗子还有鸣依吧，欢迎来到宝可梦山庄，
我是这里的管理员艾利克，接到大木博士的联络之后，我就一直在这里等你们。”
“没错，你好，艾利克，我是真新镇的小智，叨扰了。”
“我叫做斗子，真没想到竟然可以在正式开放前就参观这里，真是太幸运了。”