从隆武四年起，都督府将施行新的编制与官职名称，以及全新的军阶。
都督府将所属禁军编制名称从上至下统一改为镇、协、营、路、千、司、连、百、队、什、伍，官职则是由正副总兵、正副参将、正副游击、正副千长、正副司长、正副连长、正副百长、正副队长、正副什长、正副伍长组成。
其中副什长由表现更优秀的伍长兼任，其它官职则是都有专属副职，总兵正二品，副将从二品，参将正三品，副参将从三品，游击正四品，副游击从四品，千长正五品，副千长与司长从五品，副司长与连长正六品，副连长与百长从六品，副百长与队长正七品，副队长与什长从七品，副什长与伍长正八品，老兵不变编制与品级保持不变！
一伍由五个士兵与一个伍长共六人组成，一什由两伍和一个什长共十三人组成，一队由四什河正副队长共五十三人组成，一百由两队、正副百长、两个亲兵、一个镇抚和一个军医共一百一十二人组成，一连由两百、正副连长、三个亲兵、一个镇抚和两个军医共二百三十三人组成，一司由两连、正副司长、四个亲兵、两个镇抚、两名军医和八个炮兵共四百八十四人组成，一千由两司、正副千长、两个赞画、一个从六品士官长、六个亲兵、三个镇抚、一个经历、两个训导、三十个辎重兵、十个哨探、四个军医、八个炮兵与一百一十二个骑兵共一千一百四十九人组成，一路由两千、正副游击、三赞画、一个正六品士官长、八个亲兵、四个镇抚、两个经历、三个训导、五十个辎重、十个哨探、四个军医、十六个炮兵与一百一十二个骑兵共计两千五百一十三人组成，一营由两路、正副参将、四个赞画、一个从五品士官长、十个亲兵、六个镇抚、三个经历、四个训导、一百个辎重、二十个哨探、四个军医、十六个炮兵、四百八十四个骑兵共五千六百三十人组成，一协由两营、副将、四个赞画、一个正五品士官长十二个亲兵、八个镇抚、四个经历、四个训导、两百个辎重、三十个哨探、六个军医、三十二哥炮兵与一千一百四十九个骑兵共一万两千七百一十一人，一镇由两协、总兵、五个赞画、一个从四品士官长、十六个亲兵、十个镇抚、六个经历、六个训导、三百个辎重、四十个哨探、十个军医、六十四个炮兵与一千一百四十九个骑兵共两万零三十人组成。
上一级的赞画、镇抚、经历、训导、辎重、哨探、军医、炮兵与骑兵直属于该级编制，镇级赞画、镇抚、训导、辎重、经历、军医主官皆为从四品，协、营、路、千级分别为正五、从五、正六与从六品，哨兵、炮兵与骑兵参照正常士兵编制即可！”