施琅的胸怀让康熙皇帝非常感动，当这个正式投降的捷报。传到北京，封师郎为靖海侯，世袭罔替，让他永镇台湾，这还没完。特许为施郎建生祠表彰他的功绩，台湾是拿下来了，满朝文武都建议弃首台湾的时候，施琅据理力争认为台湾必须守，他说台湾乃东南七省门户，朝廷的赋税主要靠的东南，如果这个东南不定的话，那会影响这个朝廷的收入，收入影响的话那后果不堪设想。
漕运海运都会有影响，所以台湾必须守。如果台湾弃守成了无主之地，那外国人就会在台湾建立殖民地，弱小的郑克塽好对付，但是如果换成了这个船坚炮利的红毛夷（荷兰鬼子）。再想拿回台湾就太难了。康熙皇帝听取了施琅得意见，到了康熙23年。清廷于1684年设立台厦道，与厦门共署，并同时隶属于当时的福建省。道为清朝行政区划之一，其地位在省与府之间，而总管厦门与台湾的台厦道道署设于厦门。
1684年，台湾设台湾府，辖台湾、凤山、诸罗三县，隶属于福建省台厦道，在台澎分别驻兵1万人，设官治理、筑城戍守，并公布“台湾编查流寓则例”，严格控制大陆汉人渡台人数。
台湾建府初期，清廷即授权福建巡抚从闽省内地与台地的官员互调。因此，清代台湾的官吏多是福州人同时呢？这个康熙皇帝也开放了海禁，广东，福建，宁波，舟山四个口岸对外贸易，大大促进了大清跟世界各国经济，文化，科学，技术的这个交流。那么，这么一来。平三藩定台湾，打开国门啊，让年仅31岁的康熙皇帝威名波于海内，建立了不世之功勋。
康熙刚开始对台湾的想法是先礼后兵，先后有十次派大臣去招降台湾郑氏，但是丝毫没有用处，后来也看出来了只有靠武统台湾，最后一举成功，东南一带彻底平定，可是北方还有对手，远比三番和明郑强大的多。