朝廷收到施琅的折子。同意了他的要求，所以到了康熙22年公元一六八三年的七月，福建水师提督施琅率领官兵两万余人，大型战船300多艘，中小战船230多艘，以游击蓝理为先锋。分三路向澎湖进击，游击蓝理率七船冲镇击沉焚毁郑军舰船数艘。一开始，清军攻势，比较顺利。后来潮流方向发生了变化，清军互相冲撞，阵型就散了架，郑军开始反攻，施琅的旗舰冲入敌阵救出来了好几艘船，但是，在这次战斗当中，施郎的右眼被火铳打伤，还好没打瞎傍晚，双方休战三天之后，6月22号清军又发动了总攻，战斗打响之后，清军借西南风优势，又是三路进攻。以舰船数量的优势分割包围敌舰，从早晨打到下午，炮火弓箭，交攻犹如雨点儿，可见啊，这战场上啊，硝烟弥漫，打得非常激烈。
先锋蓝理越战越勇，脱光了膀子，指挥战斗。刹时间，被一枚炮弹啊！这当然不是整个的炮弹啊，是弹片儿击中腹部，随军官兵，一看哎呀，不好游击大人肠子流出来了啊，众弟兄赶紧过来给他塞回去，帮他包扎好，蓝理又站起来指挥战斗，非常骁勇。就在肠子都出来的情况，他指挥又击沉了两艘战舰，烧死无数人清军士气大振，康熙在战后评价蓝血战破敌，功在首先！授予这个蓝里参将职务，后来呢，一路升到了福建陆路提督。当时明政的军队在刘国轩的指挥之下，也是奋勇作战啊，双方都杀红了眼。
激战当中，清军总兵朱天贵战死，这个人本来也是明郑的降将，经过充分休整和准备的清军向澎湖郑军发起总攻。经过9小时激战，清军取得全面胜利，共毙伤郑军官兵一万二千人，俘获五千余人。击毁、缴获郑军战船150余艘。郑军主将刘国轩乘小船从北面的吼门逃往台湾。此役清军阵亡329人，负伤1800余人，整场决战还是以清军大获全胜而告终。
这下基本上台湾的武装力量不是清朝的对手了，此战首功在施琅，但是姚启圣起的作用也是很大，可见康熙在用人上师范非常懂得人尽其才的。