皇太极一看我拿到了元朝的传国玉玺，这可是一国之瑞，这就不能是汗了，得称帝了，改国号为大清，改族名为满洲，改年后为崇德，自已是大清的第一个皇帝。这个时候皇太极的目标就发生了变化从统一漠南蒙古，事实上这个已经完成了，就变成了对大明的战争。
对大明来说漠南蒙古归顺满洲这边的防守防线就被拉长了，由宁远到宁夏就都是防守的前线了，其实这个时候明眼人都看得出来，明朝完蛋是迟早的事情。一下子并过来这么多蒙古人，于是皇太极下令建立蒙八旗。皇太极的盟旗制度，掌握了蒙古的金融和税收，充实了大清的军费。就这个制度一直延续到了1949年之后，可见皇太极的制度是非常完善且有效的。
天聪十年（1636年），将原来掌管翻译文书、记注国史、出纳奏章、传宣诏令、撰写功臣敕书的“文馆”改为内三院，即：内国史院、内秘书院、内弘文院，分任职掌。内三院共设大学士四人（内秘书院二人），学士十五人。其行政机关与军政征伐机关与组织这才进行了区分，改变了过去军政不分、文武合一的格局，后金国家中央组织机构日趋完善。而内三院大学士也由单纯办理文书事务，开始在一定程度上能够参与议政。如秘书院大学士范文程，范文程居清朝开国文臣之首，为皇太极心腹，以大学士参与议政决策，故内三院已隐然初具内阁的规模，且包含翰林院的职掌，如“进讲”、“侍讲”，编纂国史，撰拟祭告文等。
早在努尔哈赤时期，当时辽宁沈阳的生员，范仲淹的第十七世孙就投靠了后金。这个人是满腹经纶才高八斗学富五车，但是没有得到努尔哈赤的重用，这个也正常，在后金刚刚创立时期，靠的是抢地盘得能打仗，需要像额亦都，费英东这样的才行，有什么事大家一讨论，然后老汗王一做决定就行了，即使再有才华，人家不需要啊。但是皇太极是想做天下的主人的，他知道天下间汉人的人数是满人的十倍不止，杀光他们是不可能的，所以只要征服汉人的心才行，要不他们还得起来造反，于是非常重用范文程，其中代善选择退出与皇太极平起平坐他也是听了范文程的建议，后金的一些小贝勒也是跟着范先生学习的儒家思想。皇太极凡是遇到难题就找范先生商量，满蒙汉为一体就是他提出来的。这个时候皇太极从偏安一隅的小国之主思想慢慢的转变为了可以统一天下富有四海的万乘之君。皇太极受到汉化的思想之后把这些又交给了他的后代们并且要求子孙代代都要学习，所以清朝的皇帝每个都是满腹经纶完爆明朝的一众文盲皇帝。