而浅井军还没支撑多久，海北友成（海北纲亲长男）、海北助左卫门、赤尾清冬（赤尾清纲长男）、赤尾四郎兵卫（赤尾清纲次男）、赤尾伊豆守（赤尾清纲三男，一说次男）、赤尾与四郎、赤尾筑后守、赤尾孙三郎、雨森清良（雨森清贞长男）、雨森清广（雨森清贞次男）、雨森藤次等海北、赤尾、雨森三族之中众多有名武士们纷纷被讨取。
其余浅井军在看到己方一名接着一名有名武士被讨取后，士气和战意很快就丧失殆尽，迅速崩溃，进而四散而逃。
海北纲亲、雨森清贞、赤尾清纲三人知道大势已去，但仍然没有就此向上杉家低头的想法，他们便率残部一百余人继续向长野业正所在的中山道上杉军本阵发起突击。
只是，小谷城南的遭遇战已经演变为痛打落水狗。
仅剩下一百余人的浅井军怎么可能在士气、战意尽丧的情况下突破层层上杉军的围追堵截？
结果毫无疑问，海北纲亲、雨森清贞、赤尾清纲三人先后在混战之中分别被长野家与力上泉信纲、长野家笔头家老藤井友忠、长野家谱代家臣青柳忠家所讨取
随后，远藤直经、海北纲亲、雨森清贞、赤尾清纲等浅井家重臣们的首级与朝仓景镜、朝仓景健、栂野吉仍、印牧美满等叛臣们的首级一同被送到清定所在的上杉军本阵报捷。
虽然本丸、大岳城两地已经被孤立起来，但并不代表守军不知晓小谷城其余地区以及城外的战况。
百百内藏助、岩脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等浅井家重臣们在登上本丸、大岳城中的箭橹，看到了己方一次又一次决死突击失败的情景是面如死灰。他们很快就意识到继续坚守本丸、大岳城两地已经毫无意义了。
在经过了一番商议后，百百内藏助、岩脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等人便达成了一致，让本丸之中的侍女和老弱病残之人尽数向上杉军投降，其余人等则是各谋生路，不予以阻拦。
至于百百内藏助、岩脇定政、田那部式部丞、黑田伊予守等浅井家重臣们，则是放弃了生路，选择了切腹自尽。
由于远藤直经、海北纲亲、雨森清贞、赤尾清纲等浅井家重臣们接连阵亡，使得浅井·一向一揆联军再也无法抵挡上杉军的凌厉攻势。
不仅一度被浅井·一向一揆联军夺回的出丸、山崎丸再度易手，就连福寿丸、金吾丸、小丸等地也先后被上杉军压制。高宫右京亮、野村孙太郎、田井重兵卫、柳之濑重介等浅井·一向一揆联军之中的有名武士也纷纷被讨取。
浅井长政在万般无奈之下，只得与浅井政元、浅井政之、浅井惟安、浅井亮亲、浅井政澄等同族重臣们率残部三百余人退守赤尾曲轮。
万念俱灰、无力回天的浅井长政在赤尾曲轮坚守至第二天后，便让庶流的浅井惟安担任介错，于赤尾清纲的府邸之中切腹自尽。
浅井政元、浅井政之、浅井惟安、浅井亮亲、浅井政澄等浅井一族之人深知无路可逃，也紧随浅井长政先后切腹自尽。
至此，自大永三年（1523年）浅井亮政崛起以来的浅井家，历经三十五年三代人后宣告灭亡。
被世人称之为“北江之鹰”浅井长政，一生如流星般只有短短的十五年，北近江大名浅井家，也在他的手里终结。
浅井长政并非是无能的暗弱之人，他也曾豪情万丈，也曾意气风发，但俗话说“时势造英雄”。
而浅井长政的时势则太差了。北近江大名浅井家出身京极家被官、旗下国人领主，先天基盘太弱，又夹在强力大名如六角家、朝仓家、斋藤家之间，战略回旋余地太狭窄，既然不愿意仰人鼻息，那么就只能选择轰轰烈烈地灭亡。
当然，浅井长政最可贵的，不是他身为君主的能力，而是一种在那种乱世里难得一见的质朴真诚的感情。
在小谷城即将陷落之时，浅井长政没有像大部分失败的大名、国人领主们那样，杀死正室、侧室与子女，而是将女眷送出，希望他们好好地活下去。
浅井长政也许不是一位多么出色的君主，他的身上确实欠缺那种杀伐果断的气质，但他是个真正的人，是个好丈夫，他的生和死的抉择，也为那个冷酷灰暗的时代，用生命留下了光亮的一笔，即使转瞬即逝。
如果为了在这乱世里存活，连做人最基本的底线都丧失的话，即便活下来，怕也是了无生趣了吧。
上杉清定鉴于浅井长政已与其原先正室平井御前离缘，也就没有对其进行为难，反而是让其作为自己的信使前往六角家本据观音寺城，告知六角承祯、六角义治、六角义定父子三人，若是意图负隅顽抗的话，那么浅井家就是最好的前车之鉴了。
对于被木下秀吉俘虏的京极高清、京极高广父子，清定原本是打算将他们作为伪朝方的支持者进行严惩。
在京极高吉的劝说下，清定便同意让其养父京极高清免于一死，改为前往上平寺城进行蛰居处分。
与京极高吉势同水火，一度刀兵相见的京极高广可就没有人来为他求情了。
先前支持京极高广继承京极家家名的浅井家已经被上杉家攻灭，且北近江诸郡大部分国人领主以及江北十寺被铲除，使得阿闭家、安养寺家、新庄家、宫部家、浅见家等向上杉家投诚的原浅井家旗下国人领主们可不敢冒着家名断绝的风险为京极高广去求情。
最后，京极高广被清定以‘联合浅井家勾结伪朝、兴兵作乱’为由处斩。
得益于六角家先前发生的观音寺城骚动，使得上杉定虎所部在南近江诸郡的攻略可谓是顺风顺水。