随后的半个小时，除了差不多抵达山顶遗迹的小智和小葵，其余人都遭到了黑夜魔灵驱逐，回到了研究所。
早就回来报信的莎莉娜和小光，也从山梨博士口中得知，前几天，山顶遗迹的挖掘工作中，有工作人员不小心挖出了一个深不见底的山洞，有几名考古员称那是通往灵界的入口。
得知事件的起末后，莎莉娜和小光也快步朝着山洞遗迹靠去，山梨博士也带着人紧随其后。
与此同时。
小智和小葵也来到了存放徽章奖牌的遗迹。
小葵看着那排列整齐的奖牌，兴奋道：“小智，看样子好像我们的第一诶！”
突然一阵莫名的笑声从旁传来。
“这边……这边……”
听到动静的两人侧头看去，只见那个小女孩飘到一个深邃的洞穴前，对着小智他们招手。
“奇怪，那边有什么吗？”小葵疑惑道。
小智道：“小葵你往后退，那可不是什么正常人。”
“诶，不是正常人？”
小葵有些疑惑地看向小智，她有点搞不明白到底是什么情况。
也就在这时，那只黑夜魔灵从旁边飞了过来拦在小智他们面前。
“是黑夜魔灵！”小葵紧张道。
“放心，它并没有恶意，沙奈朵，你帮忙把小葵送回研究所。”
“沙奈！”
沙奈朵将手搭在小葵的肩膀上，紧接着身形一闪再次出现时，小葵已经不见了。
“玛夏多、达克莱伊，你们去协助黑夜魔灵制服那个家伙。”
小智的话音刚落，两道黑影瞬间出现在小女孩身后，紧接着同时出手用能力将那小女孩定在原地，黑夜魔灵见状也毫不客气扔出两团磷火，烧得那小女孩不得不撤去形体。
没等它再次凝聚形体，小智便用波导和超能力将其搓成一一团黑色气体。
那洞窟也在这时，那洞窟突然亮起暗紫色光芒，一股强大的吸力要将小智他们往洞窟内吸去。
小智当即撑起波导护盾隔绝吸力，上下打量一番后，猜测道：“这破洞该不会是连通骑拉帝纳老巢的吧？”
“但也不对啊，关于灵界的传说和反转世界好像没多少联系。”
看到小智对着灵界通道上下打量，黑夜魔灵不由开口：“woni……”（波导使者，拜托你将这个灵界通道破坏掉！）
“好。”
小智捏着的那团黑气用一个后仰跳投，将其扔回灵界通道后，直接用波导和超能力混合起来施展封印术，将灵界通道彻底封印。
为了防止有人再次将通道打开，小智让皮卡丘、沙奈朵、伊布同时用招式将洞穴炸垮。
做好这一切后，莎莉娜他们也找来了。
“小智！”
黑夜魔灵也没有过多交流，缓缓退去转眼就消失了。
对于黑夜魔灵的离开，小智也没有在意，反正他已经拥有一只黑夜魔灵了，这只是专门看管灵界的他也不好收服。